Dalam upaya mengimplementasikan visi sekolah, SMP Al Furqan menjabarkan misi sekolah sebagai berikut:
- Membangun lingkungan sekolah yang membentuk Peserta didik dan SDM memiliki akhlak mulia melalui penanaman nilai-nilai aqidah Islamiyah yang kuat sesuai dengan Al Qur’an dan Sunnah.
- Mewujudkan sumber daya manusia yang beriman, produktif, kreatif, inovatif dan efektif
- Menumbuhkembangkan kecintaan dan pengamalan Al Quran.
- Merancang pembelajaran yang menarik dan menyenangkan yang mampu memotivasi peserta didik untuk selalu belajar.
- Membangun lingkungan sekolah yang bertoleransi dalam kebhinekaan global, mencintai budaya lokal dan menjunjung nilai gotong royong.
- Mengembangkan kemandirian, nalar kritis dan kreativitas yang memfasilitasi keragaman minat dan bakat peserta didik.
- Mewujudkan pendidikan yang berkualitas untuk menghasilkan prestasi dan lulusan yang peduli dengan lingkungan